Γεννήθηκε στο Ληξούρι της Κεφαλονιάς το 1887 και ήταν γιος του Σπυρίδωνος Αλιβιζάτου. Αδέλφια του ήταν οι Ανδρέας και Νικόλαος Αλιβιζάτος.[10] Σπούδασε στο Εθνικό Πανεπιστήμιο της Αθήνας (1904-1908), αναγορεύτηκε διδάκτωρ και συμπλήρωσε τις σπουδές του στην Γερμανία για τέσσερα χρόνια (1908-1912), στα Πανεπιστήμια της Λειψίας και του Βερολίνου. Στις σπουδές του ειδικεύθηκε στην Εκκλησιαστική Ιστορία, το Κανονικό Δίκαιο, την Ιστορία και την Θεωρία της Εκκλησιαστικής Διακονίας και της Κοινωνικής Πρόνοιας.

Επέστρεψε στην Ελλάδα και το 1912 διορίστηκε καθηγητής θρησκευτικών στο Διδασκαλείο της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας (Αρσάκειο) και τμηματάρχης του τμήματος των εκκλησιαστικών στο υπουργείο των εκκλησιαστικών και της δημόσιας εκπαίδευσης (1917-1923). Υπήρξε γενικός γραμματέας και πρόεδρος της Χριστιανικής Αδελφότητος Νέων. Διετέλεσε τρεις φορές κυβερνητικός επίτροπος στην Ιερή Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος την οποία αντιπροσώπευσε σε συνέδρια και εκκλησιαστικές αποστολές. Ακόμη υπήρξε μέλος του Παγκοσμίου Συμβουλίου Εκκλησιών και πρόεδρος της Πολυκλινικής Αθηνών. Συνέβαλε ακόμη στην ανάπτυξη του Θεολογικού Φοιτητικού Οικοτροφείου, στην ίδρυση του Οίκου Φοιτητρίας και της Σχολής Διακονισσών της Αποστολικής Διακονίας και στην οργάνωση του Μαντζαβινάτειου Νοσοκομείου Ληξουρίου.
Το 1915 εξελέγη έκτακτος καθηγητής στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, στις έδρες της βιβλικής ιστορίας και της ιστορίας της ελληνικής εκκλησίας. Η εκλογή του όμως αυτή δεν επικυρώθηκε από το υπουργείο παιδείας για πολιτικούς λόγους. Από το 1919 ήταν τακτικός καθηγητής του Κανονικού Δικαίου και της Ποιμαντικής στη Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών ενώ δίδαξε και στην Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή. Εξαιτίας των πολιτικών ανωμαλιών στην Ελλάδα, απομακρύνθηκε από το Πανεπιστήμιο Αθηνών κατά την περίοδο 1920-1922. Το 1923 δίδαξε προσωρινά και άλλα μαθήματα του πρακτικού κλάδου λόγω απουσίας άλλων καθηγητών. Υπήρξε τέσσερις φορές κοσμήτορας της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών κατά τα ακαδημαϊκά έτη 1925-1926, 1927-1928, 1935-1936 και 1948-1948. Αποχώρησε από το πανεπιστήμιο του 1957.
Το 1962 εξελέγη μέλος της Ακαδημίας Αθηνών ενώ το 1969 διετέλεσε πρόεδρος αυτής. Μιλούσε αγγλικά, γαλλικά και γερμανικά.Απεβίωσε στις 12 Αυγούστου 1969 στην Αθήνα.