Κατά την εξέλιξη της έρευνας προέκυψαν τρία βασικά ερωτήματα, που έπρεπε να απαντηθούν: 1ο) Ποιος ασκούσε την πραγματική εξουσία στα Επτάνησα κατά την περίοδο 1799-1807; 2ο) Ποιος διαμόρφωσε τις σχέσεις Εκκλησίας – Πολιτείας και ποιο το είδος των σχέσεων αυτών (συναλληλία ή πολιτειοκρατία) την υπόψη περίοδο; 3ο) Για ποιους λόγους επικράτησε το συγκεκριμένο είδος σχέσεων;
