Ο Αρχιμανδρίτης Παρθένιος Κελαϊδής υπήρξε παρών σε όλες τις Κρητικές Επαναστάσεις από το 1858 μέχρι το 1897. Στην  Επανάσταση του 1866 ύψωσε το λάβαρο και θεωρήθηκε αναμφισβήτητα ο πρωτουργός της. Η διαμονή του στην Τεργέστη και στο Λιβόρνο της Ιταλίας και η συναναστροφή του με σπουδαίους έλληνες και ιταλούς πολιτικούς, διπλωμάτες, νομομαθείς, δημοσιογράφους, όπως ο Γρηγόριος Υψηλάντης, ο Ιωάννης Σκαλτσούνης, ο Ροβέρτος Γκάλλι, ο Αλέξανδρος και ο Αναστάσιος Βυζάντιος κ.ά. είχε ως αποτέλεσμα να μετατραπεί γρήγορα σε άριστο διπλωμάτη, αγωνιζόμενος για τα δίκαια αιτήματα του κρητικού λαού και την απελευθέρωσή του από τον οθωμανικό ζυγό. Άλλοτε πίστευε ότι η λύση του Κρητικού Ζητήματος θα ήταν ο αγώνας για την ένωση της Κρήτης με την ελεύθερη Ελλάδα και άλλοτε ο αγώνας για μία μορφή αυτονομίας, ως μεταβατική περίοδος μέχρι την ένωσή της με την Ελλάδα. Εξελέγη Επίσκοπος Κισάμου και Σελίνου, αλλά δεν δέχτηκε την εκλογή του, για να μπορεί να βρίσκεται στην Ιταλία και από εκεί να μάχεται για την ελευθερία της Κρήτης.

Πέραν της έντονης εθνικής του δράσης, ο Αρχιμανδρίτης Παρθένιος Κελαϊδής είχε και πλούσια εκκλησιαστική δράση. Αφοσιωμένο τέκνο της Μητρός Εκκλησίας, του Οικουμενικού Πατριαρχείου, έδωσε το παρών στο Μητροπολιτικό Ζήτημα, μαχόμενος ώστε η Εκκλησία της Κρήτης να παραμείνει αναπόσπαστο κομμάτι του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Στο Μοναστικό Ζήτημα βρέθηκε δίπλα στον μοναχισμό της Κρήτης και συνέδραμε ώστε να μην κλείσουν τα μοναστήρια της νήσου, ύστερα από την εντολή που είχε δώσει ο Ύπατος Αρμοστής της Κρητικής Πολιτείας Πρίγκιπας Γεώργιος. Τέλος, η σύγκρουση του με τον Πρίγκιπα Γεώργιο ήταν αρκετή για να διωχτεί και να βρει καταφύγιο στην Αθήνα, όπου και παρέμεινε μέχρι το τέλος της ζωής του, βρισκόμενος πάντοτε στο πλευρό του Ελευθερίου Βενιζέλου.