Ο Μιχαήλ Μπουλγκάκοφ γεννήθηκε στις 15 Μαΐου του 1891 στο Κίεβο της σημερινής Ουκρανίας. Ο πατέρας του ήταν καθηγητής της Θεολογικής Ακαδημίας του Κιέβου. Το 1916 πήρε δίπλωμα ιατρικής. Κατά τη διάρκεια του εμφυλίου πολέμου που ακολούθησε την Οκτωβριανή Επανάσταση, ως νεαρός γιατρός, πολέμησε αρχικά με τους Ουκρανούς εθνικιστές, στη συνέχεια στον Κόκκινο Στρατό, για να καταλήξει στις γραμμές της Λευκής Φρουράς εναντίον των μπολσεβίκων.
Η εποχή της θητείας του σε ένα απομακρυσμένο νοσοκομείο της ρωσικής επαρχίας τού ενέπνευσε την αριστουργηματική συλλογή διηγημάτων Αναμνήσεις ενός νεαρού γιατρού, στην οποία περιλαμβάνεται και η αυτοβιογραφική περιγραφή της εξάρτησής του από τη μορφίνη, εξάρτηση από την οποία υπέφερε σε όλη του τη ζωή.

Από το 1921 ξεκίνησε να δημοσιεύει σε λογοτεχνικά περιοδικά και εφημερίδες της Μόσχας και της Πετρούπολης. Εκτός από τα πολύ σημαντικά μυθιστορήματα και τις νουβέλες του (Λευκή Φρουρά, Διαβολιάδα, Καρδιά σκύλου, Η μυθιστορία του κυρίου Μολιέρου), ο Μπουλγκάκοφ αναδείχθηκε σε έναν από τους πιο αγαπητούς θεατρικούς συγγραφείς της χώρας του (Το διαμέρισμα της Ζόγιας, Οι μέρες των Τουρμπίν, Φυγή, Αδάμ και Εύα κ.ά.).

Παρά τη δημοτικότητά του, το 1926 οι σοβιετικές μυστικές υπηρεσίες έκαναν την πρώτη έφοδο στο σπίτι του για έρευνα. Έκτοτε οι πιέσεις δεν έπαυσαν ποτέ. Γύρω στο 1930 σταμάτησαν να τυπώνονται τα έργα του, τα θεατρικά του κατέβαιναν από τις σκηνές της χώρας, ενώ κάποια απαγορεύτηκαν.

Το 1930 ο Μπουλγκάκοφ απηύθυνε γραπτή έκκληση προς την κυβέρνηση να του επιτραπεί να φύγει απ’ τη χώρα, ενώ το 1931 έγραψε απευθείας στον Στάλιν. Μέχρι το 1939, οπότε και απαγορεύτηκε η παράσταση έργου του (Μπατούμ) που υμνούσε τα νεανικά χρόνια του Στάλιν, ο Μπουλγκάκοφ είχε την ελπίδα πως θα κατάφερνε να φύγει. Μετά την τελευταία αυτή απαγόρευση η κατάσταση της υγείας του επιδεινώθηκε σοβαρά.

Εντωμεταξύ, ο συγγραφέας υπαγόρευσε στη γυναίκα του την τελευταία εκδοχή του μυθιστορήματός του Ο μετρ και η Μαργαρίτα, το οποίο επεξεργαζόταν δώδεκα χρόνια. Το μυθιστόρημα δημοσιεύτηκε για πρώτη φορά σε λογοκριμένες συνέχειες στο λογοτεχνικό περιοδικό Μοσκβά μόλις το 1966. Η πρώτη πλήρης έκδοση σε μορφή βιβλίου πραγματοποιήθηκε το 1973.
Το 1940 ο Μπουλγκάκοφ πέθανε σε ηλικία 49 ετών.