Γεννήθηκε το 1940 στο Αννόβερο και σπούδασε διεθνές εμπόριο στο Αμβούργο, το Παρίσι και το Οχάιο των ΗΠΑ. Έζησε και εργάστηκε στην Ισπανία, τη Γαλλία, τη Νιγηρία και την Ελβετία. Το 1966 εγκαταστάθηκε στις Βρυξέλλες όπου δραστηριοποιήθηκε στην αυτοκινητοβιομηχανία. Ασχολήθηκε με τον κλασικό αθλητισμό, έτρεχε μαραθώνιο δρόμο και ήταν διακεκριμένος στο τρίαθλο, όπου σε διεθνείς αγώνες κατέλαβε την 4η θέση. Το 1968 ήταν ένας από τους συνιδρυτές της Διεθνούς Αμνηστίας του Βελγίου. Ανακηρύχθηκε επίτιμος πολίτης της κοινότητας Κομμένου το 2002, ενώ το 2005 του απονεμήθηκε ο Τιμητικός Σταυρός της Γερμανικής Ομοσπονδίας με πρωτοβουλία του Γιοχάννες Ράου, τότε προέδρου της Γερμανίας. Στις 12 Απριλίου 2009 έπεσε θύμα τροχαίου δυστυχήματος, ενώ ποδηλατούσε για προπόνηση στο τρίαθλο, στην πόλη Βισελχέβεντε. Ήταν παντρεμένος με δύο παιδιά.
Η ενασχόλησή του με την ιστορία ξεκίνησε το 1963, αρχικά ως αναζήτηση της πορείας του πατέρα του, δημοδιδασκάλου και επιστρατευμένου εφέδρου αξιωματικού της επιμελητείας των στρατιωτικών σιδηροδρόμων της γερμανικής Βέρμαχτ, ο οποίος είχε έρθει στην Ελλάδα το 1942 για να συμμετάσχει στην επισκευή της γέφυρας του Γοργοποτάμου. Ο Χ. Φ. Μάγερ χρειάστηκε είκοσι πέντε χρόνια για να συγκεντρώσει τα στοιχεία για τον τραγικό θάνατο του πατέρα του. Το πρώτο του βιβλίο Η Αναζήτηση. Ανθρώπινα πεπρωμένα στον ελληνικό απελευθερωτικό αγώνα 1941-1944 (Αθήνα 1995), αναφέρεται σε αυτή την έρευνα.
Ακολούθησαν τα βιβλία Η Φρίκη του Κομμένου (Αθήνα 1998), το οποίο αναφέρεται στη σφαγή του Κομμένου στις 16 Αυγούστου 1943, το Από τη Βιέννη στα Καλάβρυτα. Τα αιματηρά ίχνη της 117ης Μεραρχίας Καταδρομών στη Σερβία και την Ελλάδα (Αθήνα 2003) και το Αιματοβαμμένο Έντελβαϊς. Η 1η Ορεινή Μεραρχία, το 22ο Σώμα Στρατού και η εγκληματική δράση τους στην Ελλάδα, 1943-1944 (Αθήνα 2009).